Ra đời ngày 20/7/1967, trên chiến trường Đông Nam Bộ, nhiệm vụ chính là phòng chống dịch bệnh, phòng chống sốt rét, hướng dẫn công tác vệ sinh phòng bệnh nơi ăn ở cho các đơn vị bộ đội tại chiến trường B2. Đơn vị đã tham gia chiến đấu và phụ vụ chiến đấu trong cuộc kháng chiến chống Mỹ cứu nước và chiến tranh bảo vệ Tổ quốc biên giới Tây Nam, làm nhiệm vụ quốc tế giúp nhân dân Campuchia xây dựng và khôi phục lại đất nước. Từ một phân đội vệ sinh phòng dịch miền, phát triển thành đội vệ sinh phòng dịch 20, rồi trở thành Trung tâm Y học dự phòng Quân đội phía Nam. 50 năm qua, tập thể cán bộ, chiến sĩ Trung tâm luôn hoàn thành nhiệm vụ bảo đảm, chăm sóc sức khỏe bộ đội và nhân dân ở vùng sâu, vùng xa, vùng biên giới hải đảo.