Do đặc thù thực hiện nhiệm vụ nên Lữ đoàn 649, Cục Vận tải, Tổng cục Hậu cần thường tổ chức huấn luyện thực hành gắn với kế hoạch chạy tàu vận chuyển hàng hóa. Đây là một biện pháp thiết thực, hiệu quả để nâng cao chất lượng công tác huấn luyện và vận chuyển hàng hóa.